Em 29 de março de 1549, chegam, pela Ponta do Padrão, na Barra, Tomé de Sousa e comitiva, em seis embarcações: três naus, duas caravelas e um bergantim, com ordens de D. João III de fundar uma cidade-fortaleza chamada do São Salvador. Nasce assim a cidade de Salvador: Já cidade, já capital, sem nunca ter sido província. Todos os donatários das capitanias hereditárias eram submetidos à autoridade do primeiro governador-geral do Brasil, Tomé de Sousa. No local de desembarque, na Praia do Porto da Barra, está o “Marco da Fundação da Cidade”, uma coluna de 6 metros de altura feita em pedra de lioz. O monumento foi posto pela comunidade portuguesa na Bahia em 1952, restaurado em 2013.
Com o governador vieram nas embarcações mais de mil pessoas. Trezentas e vinte nomeadas e recebendo salários; entre eles o primeiro médico nomeado para o Brasil por um prazo de três anos: Dr. Jorge Valadares; e o farmacêutico Diogo de Castro, seiscentos militares, degredados, e fidalgos, além dos primeiros padres jesuítas no Brasil, como Manuel de Nóbrega, João Aspilcueta Navarro e Leonardo Nunes, entre outros. As mulheres eram poucas, o que fez com que os portugueses radicados no Brasil, mais tarde, solicitassem ao Reino o envio de noivas.
Tomé de Sousa, após receber de um funcionário a notícia de que o substituto estava a caminho, disse-lhe: “Vedes isto, meirinho? Verdade é que eu desejava muito, e me crescia a água na boca quando cuidava em ir para Portugal; mas não sei por que agora se me seca a boca de tal modo que quero cuspir e não posso”. Por ocasião dos 450 anos da cidade, o historiador Cid Teixeira comparou o empreendimento de construção da primeira capital do Brasil, no século XVI, com a construção de Brasília, no século XX. As duas cidades surgiram de uma decisão política de ocupação do território, e ambas, cada uma a seu tempo, trouxeram inovações urbanísticas. Era pelo porto que a cidade se articulava com o mundo. Assim, Salvador foi desde o primeiro instante cosmopolita. “Não se tratava de um povoado que foi crescendo. A cidade já surge estruturada. Salvador não nasce de um passado, mas de um projeto de futuro que era construir o Brasil”, analisa o escritor Antonio Risério.[63]
A cidade segue o modelo de urbanização adotado por várias cidades costeiras portuguesas, que incorpora as características do meio físico ao desenho urbano. “A escolha de sítios elevados para a implantação dos núcleos defensivos; a estruturação da cidade em dois níveis: a cidade alta, institucional e política, e a cidade baixa, portuária e comercial; a cuidadosa adaptação do traçado das ruas às características topográficas locais; um perímetro de muralhas, que não acompanhava o tecido construído, mas se adaptava às características do território; e uma concepção de espaço urbano em os edifícios localizados em posições dominantes davam sentido e estruturavam os espaços envolventes” — são características que se observam em Lisboa, Porto ou Coimbra, assim como em cidades coloniais como Salvador, Luanda (fundada na segunda metade do século XVI) e Rio de Janeiro. Ademais, “na cidade portuguesa, os edifícios públicos, civis ou religiosos, localizados em pontos proeminentes do território e associados a uma arquitetura mais cuidada que os destacava na malha urbana, tinham um papel estruturante fundamental na organização da cidade”.
Assim, núcleo urbano primitivo da primeira capital brasileira é construído no cume de um monte, e a organização da cidade se dá em dois níveis — Cidade Alta, sede do poder civil e religioso, e Cidade Baixa, onde se desenvolviam as atividades marítimas e comerciais. Nas instruções dadas em 1548 por D. João III a Tomé de Sousa, estão expressas as preocupações da Coroa com a regularidade do traçado da nova cidade. Foi, portanto, uma cidade planejada, e o seu traçado que se adaptava, por um lado, à topografia local e, por outro, a um perímetro de fortificações de forma trapezoidal. No seu interior, era constituída por quarteirões retangulares, do que resultava uma malha regular, mas não perfeitamente ortogonal. Na cidade inicialmente delineada por Luís Dias havia dois conjuntos de quarteirões retangulares de diferentes proporções. Um desses conjuntos tinha uma estrutura idêntica aos quarteirões de cidades medievais planejadas. Os quarteirões do outro conjunto tinham uma forma mais quadrada, e cada um deles era composto por lotes dispostos costas-com-costas ou fazendo frente para as quatro faces do quarteirão, numa estrutura idêntica à encontrada no Bairro Alto de Lisboa ou na cidade de Angra do Heroísmo, ambos contemporâneos da fundação de Salvador. Na parte alta da cidade, localizavam-se os principais edifícios institucionais e grande parte das áreas habitacionais, enquanto na parte baixa desenvolveram-se as funções portuárias e mercantis.
“Planta da restituição da Bahia” (João Teixeira Albernaz, o velho, 1631): em primeiro plano a Armada Espanhola contra os invasores da Companhia Holandesa das Índias Ocidentais
Com a construção do núcleo urbano da cidade do Salvador, a população indígena tupinambá que circundava a capital colonial no século XVI estava dispersa em diversas aldeias integralmente autônomas que, com o avanço do aprisionamento e escravização praticada pelos colonos portugueses, começaram a diminuir, enquanto surgiram aldeamentos que passaram a ficar submetidos diretamente ao controle de alguns colonos ou, então, que passaram ser administrados pela Companhia de Jesus[65][66][67], a exemplo da aldeia de Camaragipe ou de Nossa Senhora do Rio Vermelho, da aldeia de São Lourenço ou Tamandaré, da aldeia de São Sebastião ou Tubarão, chefiada pelo cacique Iperu, uma liderança tupinambá inicialmente perseguida por Tomé de Sousa que, após acordo de paz, aderiu à conversão ao catolicismo e da aldeia de Simão, nome de outra liderança indígena local.[
Após Tomé de Sousa, Duarte da Costa foi o governador-geral do Brasil. Chegou a 13 de julho de 1553, trazendo 260 pessoas (entre elas, o filho Álvaro), jesuítas, como José de Anchieta, e dezenas de órfãs para servirem de esposas para os colonos. Mem de Sá, terceiro governador-geral, que governou até 1572, realizou uma profícua administração. Uma nova muralha, desenhada em 1605, envolvia uma área que correspondia a três ou quatro vezes a área original da cidade. No centro da nova expansão urbana, desenvolvida ao longo da segunda metade do século XVI, situavam-se o Colégio dos Jesuítas e o Terreiro de Jesus. O traçado dessa nova área de expansão da cidade é mais ortogonal e regular do que o núcleo original. A estrutura de loteamento dos quarteirões é igualmente regular, idêntica na sua estrutura e dimensões à do Bairro Alto. O Terreiro de Jesus foi concebido desde o início como uma praça regular e terá sido o elemento gerador de uma malha urbana circundante. Trata-se agora de uma concepção radicalmente diferente — e moderna — de espaço urbano e de estruturação urbana. A praça, e não mais os edifícios singulares, passa a ser o elemento estruturador da urbanização.
Ataque holandês contra a cidade de Salvador em 1624
A cidade foi invadida pelos holandeses em 1624-1625 e em 1638. O açúcar, no século XVII — assim como no século anterior —, era o produto mais exportado pela América Portuguesa, e a Bahia era a segunda maior capitania produtora de açúcar no Brasil, atrás de Pernambuco. Na época, os limites da cidade iam da freguesia de Santo Antônio Além do Carmo até a freguesia de São Pedro Velho. A Cidade do São Salvador da Baía de Todos os Santos foi a capital e sede da administração colonial do Brasil até 1763, até ser substituída pela cidade do Rio de Janeiro. Em 1798, ocorreu a Revolta dos Alfaiates, também conhecida como Conjuração Baiana, na qual estavam envolvidos homens do povo como Lucas Dantas e João de Deus, e intelectuais da elite, como Cipriano Barata e outros profissionais liberais.
Por conta de uma invasão contra Portugal liderada pela França de Napoleão Bonaparte, a família real portuguesa decidiu se refugiar no Brasil, à época, colônia. A comitiva real saiu no dia 29 de novembro de 1807. No dia 22 de janeiro de 1808, a comitiva chegou à capital baiana, sendo bem recebida pelo povo e pelos políticos. Alguns dias depois, o príncipe-regente de Portugal, Dom João VI, decretou a abertura dos portos às nações amigas, além da criação da Escola de Cirúrgica da Bahia, atual Faculdade de Medicina da Bahia da Universidade Federal da Bahia. Dias depois de sua chegada, a comitiva partiu para seu destino final, a cidade do Rio de Janeiro, para a tristeza da população soteropolitana.
Em 1809, Marcos de Noronha e Brito, o Conde dos Arcos, iniciou sua administração. Em 1812, inaugurou o Teatro São João, onde mais tarde Xisto Bahia cantaria suas chulas e lundus, e Castro Alves inflamaria a plateia com os maravilhosos poemas líricos e abolicionistas.