O transporte ferroviário foi inaugurado pela empresa inglesa Bahia and San Francisco Railway Company (em português, Estrada de Ferro da Bahia ao São Francisco), cujo primeiro trecho, Jequitaia–Aratu, entrou em funcionamento em 28 de junho de 1860. Atualmente disso sobrevive o Sistema de Trens Urbanos de Salvador com a Estação da Calçada, antiga Jequitaia, e a Estação Paripe como extremos da linha, desde o início da década de 1980. A Companhia de Transportes do Estado da Bahia (CTB), operadora do sistema, planeja a requalificação do transporte, estendendo-o para a Avenida São Luís e para o bairro do Comércio.
Salvador possui o segundo maior sistema metroviário do Norte-Nordeste e o quarto maior do país. Os primeiros trabalhos para a licitação foram iniciados em 1997, com apoio financeiro dos governos estadual, municipal e federal, mas sua construção de fato só foi iniciada em abril de 2000.[230] Denúncias superfaturamento, investigações do Tribunal de Contas da União (TCU) e Ministério Público Federal (MPF) e outros atrasos nas obras as prolongaram por mais de uma década a inauguração do sistema. As obras foram repassadas para o governo estadual em 2013. O metrô entrou em funcionamento sob operação assistida em 11 de junho de 2014. A cobrança de tarifa começou em janeiro de 2016.] Em agosto de 2017, o sistema já estava totalmente integrado às linhas de ônibus da cidade, e em setembro, já contava com dezenove estações em operação, das vinte e três previstas.