Por ser uma cidade litorânea, é comum a utilização do transporte aquaviário, contando, inclusive, com algumas rotas para a ilha de Itaparica. A Companhia das Docas do Estado da Bahia, a Companhia de Navegação Baiana e o Circuito Náutico da Bahia são os principais responsáveis por esse transporte.
Com volume de carga que cresce ano após ano seguindo o mesmo ritmo do desenvolvimento econômico implementado no Estado, o porto de Salvador, localizado na Baía de Todos os Santos, possui o estatuto como a porta de terceiro maior movimento de contêineres do Norte/Nordeste e como a segunda maior exportadora de frutas no Brasil.
A capacidade de lidar com grande volume de envio de cargas posicionou o porto de Salvador para novos investimentos em modernização tecnológica, e o porto é conhecido por programar um elevado nível de flexibilidade operacional à preços competitivos. O objetivo dos funcionários do Porto está a oferecer uma infraestrutura necessária para a circulação de mercadorias, enquanto simultaneamente as necessidades de exportadores e importadores internacionais.